Hij was in een voorstad van Caïro voor besprekingen met de leider van de Egyptische Moslimbroederschap, de grote winnaar van de verkiezingen in Egypte. De leider van de Egyptische Moslimbroeders, Mohammed Badie, ontving Haniyeh in het nieuwe hoofdkantoor van de beweging. Hij zei dat de broederschap altijd 'bevrijdingskwesties' heeft omarmd, 'de Palestijnse kwestie voorop'.
Hamas wordt gezien als een aftakking van de Moslimbroederschap. De Egyptische broederschap nam in de jaren zeventig afstand van geweld, maar steunt Hamas in zijn 'verzet' tegen Israël. Haniyeh omschreef Hamas als de 'jihadibeweging van de broederschap met een Palestijns gezicht'. Hij zei dat zijn bezoek angst en verwarring zal veroorzaken in Israël. "Onze aanwezigheid bij de broederschap bedreigt de Israëlische entiteit", zei hij volgens het Egyptische persbureau MENA.
Israël heeft zich bezorgd getoond dat een nieuwe Egyptische regering onder invloed van de islamisten het in 1979 gesloten vredesverdrag met Egypte zal opzeggen. Hamas wordt door de Israël, de Verenigde Staten en de Europese Unie beschouwd als een terreurorganisatie. Het Westen wil pas met Hamas praten als de groep geweld afzweert, Israël erkent en de bestaande vredesakkoorden aanvaardt. Hamas heeft dat tot nog toe geweigerd.
Hamas verjoeg de rivaliserende Fatah-beweging in 2007 na een korte en bloedige burgeroorlog uit Gaza. Israël en Egypte reageerden door rond Gaza een blokkade te leggen. Nu probeert Egypte echter Fatah en Hamas te verzoenen. Haniyeh heeft gezegd dat deze verzoening een strategische zaak is, die niet door Amerikaanse of Israëlische bezwaren mag worden belemmerd.
Israël heeft Fatah gewaarschuwd dat hoe dichter het Hamas nadert, hoe verder het zich van een vredesakkoord verwijdert.