De Verenigde Staten gaan een tweede poging doen om de mannen te berechten. Het wordt vermoedelijk een lange juridische strijd. Mohammed en de vier andere verdachten zijn aangeklaagd voor 2976 gevallen van moord, een voor ieder slachtoffer van de aanslagen van 11 september 2001. In juni 2008 werden de verdachten voor het eerst voorgeleid. De zaak werd echter stilgelegd na de verkiezing van Barack Obama als president van de Verenigde Staten.
Obama wilde de zaak overdragen aan een civiele rechtbank, maar het Congres stak hier een stokje voor. Destijds maakten Mohammed en zijn medeverdachten de rechtbank belachelijk en verklaarden ze schuld te willen bekennen. Ze zeiden blij te zijn met de doodstraf. Ditmaal lijkt het er echter op dat de verdediging zich opmaakt voor een lang juridisch gevecht. De advocaten van de verdachten willen de rechtsgeldigheid van de militaire rechtbank en de geheimzinnigheid waarmee de zaak omgeven is aan de kaak stellen.
De voorgeleiding van de vijf is 'slechts het begin van een proces waarvan de afronding jaren zal duren', aldus James Connell, die verdachte Ali Abd al-Aziz Ali terzijde staat. "Ik kan me geen enkel scenario voorstellen waarbij deze zaak in een halfjaar afgerond is."
Naast Mohammed, staan ook Ramzi Binalshibh, een Jemeniet die eigenlijk deel uit zou maken van de groep kapers, Waleed bin Attash, ook uit Jemen en leider van een trainingskamp in Afghanistan, Mustafa Ahmad al-Hawsawi, een man uit Saudi-Arabië die financiële hulp verleende en Al-Aziz Ali, een Pakistaan en neef van Mohammed, terecht.