De sportman was ter dood veroordeeld omdat hij een beveiligingsbeambte zou hebben doodgestoken tijdens antiregeringsprotesten in 2018.
Staatsmedia maakten de executie, die in de zuidelijke provincie Fars werd uitgevoerd op aandringen van de familie van het slachtoffer, zaterdag bekend. Navids broers zijn voor deelname aan dezelfde demonstraties veroordeeld tot 54 en 27 jaar gevangenisstraf.
Internationaal werd met verontwaardiging gereageerd op het doodvonnis voor Afkari. Hij zou onder druk van marteling een bekentenis hebben afgelegd die hij later weer introk. Onder anderen de Amerikaanse president Donald Trump had Teheran opgeroepen het leven van de man te sparen.
Het Internationaal Olympisch Comité zei "geschokt" te zijn door de executie van de jonge Iraanse worstelaar. "Dit is zeer triest nieuws. Het IOC is geschokt door deze mededeling van vandaag", staat in een verklaring die naar buiten is gebracht.
"Het is diep verontrustend dat de pleidooien van atleten van over de hele wereld en al het werk achter de schermen van het IOC, samen met het Nationaal Olympisch Comité van Iran, de wereld worstelbond en de Iraanse worstelbond, ons doel niet hebben bereikt. Onze gedachten zijn bij de familie en vrienden van Navid Afkari."