De Iraanse regering heeft de beschuldiging als "fictie" van de hand gewezen. De Amerikaanse minister van Buitenlandse Zaken Mike Pompeo stelt dat Teheran in 2015 met al-Qaeda overeenkwam dat de beweging haar hoofdkwartier in Iran mocht vestigen.
Ondergeschikten van de huidige leider van de beweging, Aiman al-Zawahiri, zouden daar nu verblijven. Deze Egyptenaar is de opvolger van Osama bin Laden, die op 2 mei 2011 in Pakistan werd vermoord door Amerikaanse commando's.
De Iraanse minister van Buitenlandse Zaken, Javad Zarif, wijst erop dat geen van de aanslagplegers van 2001 uit Iran kwam, maar uit Arabische landen die volgens hem de favoriete bestemming zijn van Pompeo.
De meeste daders kwamen uit Saoedi-Arabië, een aartsvijand van Iran. Hij beticht Pompeo, die volgende week afzwaait, van leugens.